Κάτω από την πλατεία της Μητρόπολης, στη βόρεια πλευρά του λιμανιού, αποκαλύφθηκε από τις ανασκαφές ένα κομμάτι της μυκηναϊκής πρωτεύουσας της Νάξου, η οποία χρονολογείται το 1300 π.Χ.
Πρόκειται για ένα κομμάτι της αρχαίας αγοράς και του οικισμού της πρωτεύουσας. Πιθανολογείται ότι η Ακρόπολη των Μυκηναϊκών χρόνων ήταν στο λόφο του Κάστρου. Τα μεγάλα νεκροταφεία της εποχής ήταν στ’ Απλώματα και στη θέση Καμίνι ανατολικότερα.
Τα αρχαία οικοδομήματα συνεχίζονται και μέσα στη θάλασσα. Μέρος του αρχαιολογικού χώρου έχει διαμορφωθεί κατάλληλα ως Επιτόπιο Αρχαιολογικό Μουσείο και αποτελεί πόλο έλξης των τουριστών της Νάξου.