Η περιβαλλοντική ιδιαιτερότητα της Νάξου, αποτέλεσμα των ήπιων παραδοσιακών χρήσεων γης που εφαρμόστηκαν από τον άνθρωπο και εφαρμόζονται μέχρι σήμερα έστω και αραιότερα, έχει αναγνωριστεί διεθνώς και η ελληνική Πολιτεία έχει περιλάβει τμήμα του νησιού στο ευρωπαϊκό δίκτυο προστατευόμενων περιοχών «Φύση 2000» (Natura 2000).
Στο δίκτυο αυτό περιλαμβάνεται τμήμα της Κεντρικής και Νότιας Νάξου, που περιλαμβάνει το όρος Ζας και τη Βίγλα έως το Μαυροβούνι και τη θαλάσσια ζώνη από τον όρμο Καράδες έως τον όρμο της Μουτσούνας. Επίσης έχουν θεσπιστεί 7 Καταφύγια Άγριας Ζωής.
Οι Βιότοποι
Ξεκινώντας από την θάλασσα και την ακτογραμμή, διασχίζοντας στη συνέχεια τις πεδινές περιοχές και καταλήγοντας στους λόφους και στα βουνά, ο
επισκέπτης θα συναντήσει ένα πλήθος βιοτόπων, που όμοιο του δύσκολα θα βρει σε άλλα Κυκλαδονήσια:
- Η ανοιχτή θάλασσα και η παράκτια ζώνη
- Οι απότομες βραχώδεις ακτές, κυρίως στο ανατολικό τμήμα της ακτογραμμής.
- Οι αμμώδεις και χαλικώδεις παραλίες και οι θίνες με τα κέδρα στη νοτιοδυτική πλευρά του νησιού.
- Οι παράκτιοι εποχιακοί υγρότοποι, όπως οι λιμνοθάλασσες Αλυκής, Μικρής Βίγλας, Γλυφάδας και Αγίου Προκοπίου,
- τα έλη Καλαντού, Αγιασσού, Ποταμίδων και η εκβολή στον Αμίτη.
- Τα παραδοσιακά αγροτικά τοπία όπως τα χωράφια στο Λιβάδι, ο κάμπος του Μπαούζη, η κοιλάδα των Εγγαρών και οι πεζούλες στα ορεινά.
- Οι φρυγανότοποι.
- Οι θαμνότοποι
- Οι ρεματικές των εποχιακών χειμάρρων, με πλατάνια, λυγαριές και πικροδάφνες, διάσπαρτες σε όλο το νησί.
- Οι ελαιώνες, όπως ο ελαιώνας της Τραγαίας καθώς και οι μικρότεροι της Μουτσούνας, της Μέσης και του Λυώνα.
- Οι συστάδες βελανιδιάς, οι οποίες αποτελούν απομεινάρια από δρυοδάση. Οι περισσότερες από αυτές έχουν απομείνει στην ανατολική πλευρά του όρους Ζας.
- Τα σύδενδρα πλατύφυλλων, με την επιβλητική παρουσία μεγαλόκορμων πουρναριών, αριών και σφενδαμιών.
- Οι λόφοι και τα ψηλά βουνά με απότομα βράχια και ορθοπλαγιές. Οι πιο επιβλητικοί ορεινοί όγκοι βρίσκονται στον Ζα, στο Φανάρι, στο Μαυροβούνι, στην Αναθεματίστρα, στην Κορακιά, στον Καλόγερο και στον Άη-Λιά.
