Μοναδικό είναι το δίκτυο των τοπικών πορθμείων και επιβατηγών σκαφών που συνδέουν τα ελληνικά νησιά. Θαλάσσια «λεωφορεία» και «ταξί», πολύχρωμα καΐκια, μηχανοκίνητα σκάφη και λάντζες, φτιάχνουν έναν στόλο από τουριστικά σκάφη που προσφέρουν την ευκαιρία στους επισκέπτες να επισκεφθούν απομακρυσμένες παραλίες.
Φυσικά, είναι καλύτερο να ελέγξετε με τον τοπικό ταξιδιωτικό πράκτορα ή με τη ρεσεψιόν του ξενοδοχείου σας και να επιβεβαιώσετε ημερομηνίες και ώρες αναχώρησης, χρόνους ταξιδιών και καιρικές συνθήκες . Και σημειώστε ότι τα ωράρια και τα τοπικά δρομολόγια υπόκεινται πάντα στις αλλαγές του καιρού .
Τα τέσσερα θαλάσσια ταξί στα Κουφονήσια, με χωρητικότητα από 50 έως 150 επιβάτες το καθένα, προσφέρουν μια μεγάλη ποικιλία από καθημερινές επιλογές εκδρομών, που σας δίνουν τη δυνατότητα να βιώσετε όλα όσα τα μοναδικά αυτά νησιά έχουν να προσφέρουν.
Τα θαλάσσια ταξί είναι ένα σημαντικό μέρος από το μικρό σύστημα δημόσιων συγκοινωνιών του νησιού, καθώς στα Κουφονήσια δεν ενθαρρύνονται τα θορυβώδη αυτοκίνητα, τα μοτοποδήλατα και τα δημόσια λεωφορεία.
Για τους αρχάριους, εκείνους που δεν επιθυμούν να περπατήσουν ή να χρησιμοποιήσουν ποδήλατο για να φθάσουν στις φημισμένες αμμουδιές του νησιού, τα θαλάσσια ταξί κάνουν το γύρο του νησιού, αφήνοντας κόσμο σε όλες τις δημοφιλείς παραλίες: Φοίνικας, Φανός, Πλατιά Πούντα ( Ιταλίδα ) και Πορί. Τα πλοιάρια αναχωρούν κάθε ώρα από το λιμάνι, από τις 10.00 π.μ.- 20.00μ.μ.
Για τις παραλίες στο Κάτω Κουφονήσι, τα πλοιάρια αναχωρούν από το λιμάνι και είναι διαθέσιμα στις 10.00 το πρωί, στις 12.00, στις 13:00, στις 15:00 και στις 17:00.
Επιπλέον, υπάρχουν ημερήσιες κρουαζιέρες στο νησί της Κέρου και στο νησάκι Γλαρονήσι και συχνά, με βάση τα αιτήματα των επισκεπτών, μπορούν να οργανωθούν εκδρομές και στη Σχοινούσα (διάρκεια 1 ώρα ), στην Ηρακλειά (1 ώρα και 30 λεπτά διάρκεια) ,στην Αμοργό ( 2-3 ώρες ) και στη Νάξο (στο μικρό λιμάνι Βόλακας (βρίσκεται στην νοτιοανατολική πλευρά της Νάξου.)
Οι επισκέπτες μπορούν να νοικιάσουν ένα θαλάσσιο ταξί για κολύμπι, περιήγηση στο νησί, ή για παράδειγμα, να περάσουν μια ξεχωριστή βραδιά κάτω από ένα ολόγιομο φεγγάρι.