Η χλωρίδα της Ηρακλειάς είναι πολύ ενδιαφέρουσα, παρά το μικρό μέγεθος του νησιού.
Τα δένδρα που κυριαρχούν είναι η φίδα, ένα είδος άρκευθου, η αγριελιά, η συκιά και η χαρουπιά. Υπάρχουν και λίγα πεύκα, κυπαρίσσια, πικροδάφνες, αρμυρίκια και φοίνικες, φυτεμένα από τους κατοίκους. Στους μικρούς οπωρώνες υπάρχουν ελιές, αμυγδαλιές και λίγα οπωροφόρα.
Οι θάμνοι είναι κυρίως σχοίνα, λαδανιά, θυμάρι, ρείκι, φλώμος ή ασφάκα, ασπάλαθος, αφάνα, ασφόδελος, νάρθηκας ή άρτυκας, θρούμπη, αργανιά (είδος ματζουράνας), ελίχρυσο, φραγκοσυκιά και φασκομηλιά.
Στις ακτές βρίσκει κανείς το σταμναγκάθι και τον κρίνο της θάλασσας. Στους γκρεμούς φυτρώνει η κάπαρη και σε ένα μικρό μέρος του νησιού το σκαρολάχανο.
Σε βραχονησίδες και γκρεμούς συναντάται η αγριοβιολέτα. Στους αγρούς και τους φρυγανότοπους, η βλάστηση ακολουθεί την περίοδο των βροχών και έτσι το χειμώνα και την άνοιξη τα αγριολούλουδα κυριαρχούν.
Τα πιo συνηθισμένα είναι η ζαφορά ή άγριος κρόκος, η ανεμώνα, η παπαρούνα και η μαργαρίτα μαντελίδα. Τέλος, υπάρχουν και άφθονα άγρια χόρτα που θα τα βρείτε με διάφορες τοπικές ονομασίες.
