Η χελώνα “Γιάννης” / Φωτό: Lynne Neilly
Η θαλάσσια ζωή στην Ηρακλειά περιλαμβάνει ποικιλία από μαλάκια, οστρακόδερμα, κοράλλια, σφουγγάρια καθώς και πολλά είδη ψαριών μεταξύ των οποίων και κάποια απειλούμενα όπως ο γαλαζόφτερος τόνος , ο ξιφίας και το φεγγαρόψαρο.
Από θαλάσσια θηλαστικά το πιο συνηθισμένο είναι το ρινοδέλφινο και σπανιότερα το κοινό δελφίνι, το ζωνοδέλφινο και η μεσογειακή φώκια.
Στην περιοχή εμφανίζεται συχνά χωρίς όμως να αναπαράγεται η θαλάσσια χελώνα καρέτα-καρέτα, ενώ έχει βρεθεί και ένας νεκρός νεαρός φυσητήρας, του οποίου ο σκελετός βρίσκεται στο ζωολογικό μουσείο της Απειράνθου στη γειτονική Νάξο.
