Η Μητρόπολη των Καθολικών που βρίσκεται στο Κάστρο της Νάξου κτίστηκε στη μεσαιωνική εποχή.
Πέρασε από διάφορες οικοδομικές φάσεις και, τελικά, έλαβε τον οριστικό της χαρακτήρα τον 17ο αιώνα το δάπεδό της είναι μαρμάρινο, γεμάτο με επιτύμβιες πλάκες του 17ου και 18ου αι., με τα οικόσημα μερικών από τις σημαντικότερες καθολικές οικογένειες που έδρασαν στο νησί από τον 16ο αι. και μετά.
Η αφθονία του μπαρόκ στο κεντρικό βήμα (17ος αι.) αποτελεί το πλαίσιο μιας βυζαντινής εικόνα με τη διπλή όψη, της Παναγίας της Ελεούσας, από τη μια όψη, και του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου, από την άλλη όψη, του 12ου αι., αρχαιότερη κι από την ίδια την εκκλησία.
Σ’ άλλες εικόνες, η ανάμιξη βυζαντινών και δυτικών ρυθμών αποκαλύπτει τους επηρεασμούς της ενετο-κρητικής κουλτούρας από την οποία προέρχεται και ο Ελ Γκρέκο.
