Η Μητρόπολη των Ορθοδόξων, στη Χώρα, κτίσθηκε στο χώρο μικρότερης εκκλησίας, της Ζωοδόχου Πηγής, κι έλαβε τη σημερινή της μορφή το 1780-1787, όταν Μητροπολίτης Παροναξίας ήταν ο Νεόφυτος Λαχοβάρης.
Στο κτίριο έχουν χρησιμοποιηθεί υλικά παλαιών ναών και αρχαίων κτισμάτων. Λέγεται ότι οι μονοκόμματες γρανιτένιες κολόνες του ναού μεταφέρθηκαν από τα ερείπια της Δήλου.
Εντός της εκκλησίας υπάρχουν εικόνες από την εποχή της Τουρκοκρατίας κι ένα Ευαγγέλιο, που σύμφωνα με την παράδοση το δώρισε η Μεγάλη Αικατερίνη της Ρωσίας.
Μπροστά στη Μητρόπολη παραμένει ανοιχτός ο αρχαιολογικός χώρος, που έχει διαμορφωθεί σε αρχαιολογικό πάρκο.
