Ο Πλίνιος στα κείμενά του, την αναφέρει με το ίδιο όνομα, που σύμφωνα με τον γλωσσολόγο Στ. Μάνεση οφείλεται στο σχίνο (pistacia lentiscus), ένα θαμνώδες φυτό που ευδοκιμεί σε όλο το νησί. Ωστόσο σύμφωνα με μια δεύτερη εκδοχή πήρε το όνομά της από τον Ενετό άρχοντα Σχινόζα.
Λίγα πράγματα είναι γνωστά για την ιστορική διαδρομή της Σχοινούσας, ωστόσο τα ευρήματα των ανασκαφών στον χερσαίο και στο θαλάσσιο χώρο του νησιού (τα περισσότερα από τα οποία εκτίθενται σήμερα στο Αρχαιολογικό μουσείο Νάξου), βεβαιώνουν ότι η Σχοινούσα υπήρξε σημαντική περιοχή του πρωτοκυκλαδικού πολιτισμού (3200-2800 π.Χ.) ενώ συνέχισε να κατοικείται και στους μετέπειτα αρχαίους χρόνους.
Ο Γερμανός ελληνιστής Λουδοβίκος Ρος (Ludwig Ross, 22 Ιουλίου 1806 – 6 Αυγούστου 1859, πρώτος καθηγητής αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Αθηνών, που διετέλεσε και γενικός έφορος αρχαιοτήτων στην Αθήνα) αναφέρει αρχαιολογικά κατάλοιπα διαφόρων περιόδων από τους αρχαίους χρόνους έως την Ενετική περίοδο.
Ο ίδιος είχε παρατηρήσει αρχαίες αναβαθμίδες και είναι δελεαστικός ο συσχετισμός με την αρχαιότητα του νεώτερου, καθαρά αγροτικού, χαρακτήρα της Σχοινούσας, όπου μέχρι πρόσφατα λειτουργούσαν παραδοσιακά ελαιοτριβεία και ανεμόμυλοι.
Κατά τη διάρκεια της κατασκευής του νέου λιμανιού στην περιοχή Λιβάδι, ανακαλύφθηκε σημαντικός αρχαιολογικός χώρος Ελληνιστικής-ρωμαϊκής περιόδου, γεγονός που είχε σαν αποτέλεσμα να σταματήσουν οι εργασίες κατασκευής του λιμανιού μέχρι να ολοκληρωθεί η ανασκαφή και να γίνουν οι απαραίτητες τροποποιήσεις στη μελέτη.
Το νησί συνέχισε να κατοικείται την Βυζαντινή περίοδο, οπότε και ανέπτυξε πλούσια εμπορική δραστηριότητα, όπως μαρτυρούν τα άφθονα κεραμικά ευρήματα και το πλήθος των ερειπωμένων βυζαντινών εκκλησιών (Άη Γιάννης, Άγιος Αντώνιος, Προφήτης Ηλίας, Σταυρός, Αγία Τριάδα).
Αργότερα οι όρμοι Μερσίνη, Σιφνέικο, Λιόλιου, Μπαζαίου και Γερολιμνιώνα υπήρξαν ορμητήρια πειρατών, ενώ την περίοδο της Τουρκοκρατίας το νησί ερημώθηκε και περιήλθε διοικητικά και ιδιοκτησιακά, όπως και οι υπόλοιπες Μικρές Κυκλάδες, στη Μονή Χοζοβιώτισσας της Αμοργού.
Μετά την απελευθέρωση, οι καλόγεροι της Μονής εγκατέστησαν στο νησί οικογένειες από την Αμοργό και έτσι η Σχοινούσα άρχισε πάλι να κατοικείται. Οι καινούργιοι κάτοικοι, άρχισαν να καλλιεργούν τα χωράφια, να εκτρέφουν ζώα, να ψαρεύουν και να οικοδομούν.
Με το πέρασμα του χρόνου τα λιγοστά αρχικά σπιτάκια έγιναν οικισμοί ολόκληροι με σχολεία και εκκλησίες, ενώ παρά τις αντίξοες συνθήκες οι κάτοικοι κατάφεραν να αναπτύξουν εμπορικές σχέσεις με τα γύρω νησιά.
Ωστόσο, στο πρώτο μισό του 20ου αιώνα οι δύσκολες οικονομικές και κοινωνικές συνθήκες, ανάγκασαν μεγάλο μέρος του πληθυσμού να ξενιτευθεί.
Τα τελευταία 20 χρόνια, η ανάπτυξη του τουρισμού καθώς επίσης και η δημιουργία σχολείου δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης φαίνεται ότι έχουν συμβάλλει σημαντικά στην αύξηση του μόνιμου πληθυσμού.