Η Νάξος έxει να επιδείξει ένα έντονο ανάγλυφο και μια πλούσια και αξιόλογη ποικιλία βιότοπων. Από την ακτογραμμή μέχρι τις κορυφές των βουνών, τα διάφορα οικοσυστήματα εναλλάσσονται αρμονικά, προσφέροντας ενδιαιτήματα στην πιο πλούσια κοινωνία ζωικών ειδών στις Κυκλάδες.
ΘΗΛΑΣΤΙΚΑ
Από τα θαλάσσια θηλαστικά που απαντώνται στις ελληνικές θάλασσες εμφανίζονται συχνότατα στα νερά της Νάξου το ζωνοδέλφινο (Stenella coeruleoalba) και το ρινοδέλφινο (Tursiops truncatus), συνήθως όταν ακολουθούν τα κοπάδια ψαριών και κεφαλόποδων κατά τις εποχιακές τους μετακινήσεις διαμέσου της θαλάσσιας ζώνης των ανατολικών Κυκλάδων.
Στην ανατολική πλευρά του νησιού επιβιώνουν ελάχιστα άτομα ενός είδους που απειλείται με εξαφάνιση, της Μεσογειακής φώκιας (Monachus monachus), και στον ίδιο θαλάσσιο χώρο δεν είναι σπάνιες και οι εμφανίσεις της Μεσογειακής χελώνας (Caretta caretta), ενός ακόμα σπάνιου είδους, του μοναδικού εκπροσώπου των θαλάσσιων ερπετών στην περιοχή.
Από τα χερσαία θηλαστικά, ο λαγός (Lepus europaeus), το αγριοκούνελο (Oryctolagus cuniculus), ο σκαντζόχοιρος (Erinaceus roumanicus) και το κουνάβι ή ατσίδα (Martes foina) αποτελούν τα πιο γνωστά και αναγνωρίσιμα άγρια είδη.
Η σχετικά φτωχή και διάσπαρτη βιβλιογραφία, προϊόν παλιών φυσιοδιφών, αναφέρει και την ύπαρξη ελαφιών στη Νάξο τουλάχιστον μέχρι το πρώτο τέταρτο του 19ου αιώνα, χωρίς όμως να αποδεικνύει αν αυτά αποτελούσαν άτομα ενός ντόπιου πληθυσμού ή αν είχαν εισαχθεί -το πιο πιθανό – τους προηγούμενους αιώνες, μια πρακτική που εφαρμοζόταν τακτικά κατά την Ενετοκρατία.
Τα τρωκτικά και οι νυχτερίδες που υπάρχουν στο νησί δεν έχουν μελετηθεί επαρκώς, όπως επίσης και σχεδόν όλα τα ασπόνδυλα (έντομα, αράχνες, σαλιγκάρια, σκουλήκια κ.ά.).
ΑΜΦΙΒΙΑ ΚΑΙ ΕΡΠΕΤΑ
Τα αμφίβια και τα ερπετά της Νάξου είναι αρκετά καλά μελετημένα. Οι Κυκλάδες είναι γνωστές για την αφθονία τους σε είδη και υποείδη, και η Νάξος δεν αποτελεί εξαίρεση.
Ο πρασινόφρυνος (Bufo viridis) και ο λιμνοβάτραχος (Pelophylax kurtmuelleri), τα δυο αμφίβια της Νάξου, επιβιώνουν συχνά στον ίδιο βιότοπο με την ποταμοχελώνα (Mauremys rivulata), τη μοναδική χελώνα που ζει στους μεγαλύτερους φυσικούς υγρότοπους του νησιού.
Ο επισκέπτης που θα συναντήσει άλλα είδη χελωνών στη Νάξο πρέπει να γνωρίζει ότι έχουν απελευθερωθεί από ανθρώπους που, παρ’όλα τα φιλοζωικά τους αισθήματα, δεν γνώριζαν ότι η τελική επιβιωσή τους είναι πολύ δύσκολη.
Η Νάξος φιλοξενεί αρκετά είδη από σαύρες όπως το εντυπωσιακό κροκοδειλάκι ή κασιδιάρης (Stellagama stelio) μια μεγάλη σαύρα που παρατηρείται συχνά πάνω σε ξερολιθιές. Ακόμα πιό κοινή, ιδίως πανώ σε ξερολιθιές, είναι και η πιο μικρόσωμη αιγαιόσαυρα (Podarcis erhardii), τα αρσενικά της οποίας αναγνωρίζωνται από την πρασινωπή ράχη τους και τις συχνά χρωματιστές κοιλιές τους. Στην οικογένεια των γκέκο ανήκουν το σαμιαμίδι (Hemidactylus turcicus) και ο κυρτοδάκτυλος (Mediodactylus kotschyi), δύο μικρές σαύρες που μπορούν να παρατηρηθούν κοντά σε φώτα σπίτιων την νύχτα.
Σε αντίθεση η μεγάλη και δειλή πρασινόσαυρα (Lacerta trilineata) προτιμάει λόχμες και περιοχές με πυκνή βλάστηση. Τέλος, στην οικογένεια των σκίνκων ανήκουν το λιακόνι (Chalcides ocellatus) και ο αβλέφαρος (Ablepharus kitaibelii) δύο κρυπτικά είδη σαυρών που μπορούν να παρατηρηθούν αντίστοιχα μέσα σε χόρτα και κοντά σε παραλίες.
Παράλληλα με τις σαύρες, η Νάξος φιλοξενεί και τουλάχιστον 5 είδη φιδιών. Τα ζώα αυτά, ολότελα παρεξηγημένα και αδικημένα από τον άνθρωπο, παίζουν σημαντικότατο ρόλο στην ισορροπία της φύσης καταναλώνοντας μεγάλες ποσότητες από ποντίκια, αρουραίους και διάφορα έντομα επιβλαβή γιά την γεωργία.
Στη Νάξο το πιο κοινο φίδι είναι ο τυφλίτης (Eryx jaculus) ένα μικρό και ακίνδυνο είδος βόα πού περνάει το μεγαλύτερο μέρος της ζωής του κάτω από την γη. Ο λαφιάτης (Elaphe quatuorlineata), ένα μεγάλο αλλά επίσης άκακο φίδι, είναι ο φίλος των αγροτών λόγω των πολλών τρωκτικών που κυνηγάει. Τέλος πιό σπάνια είδη στην Νάξο είναι η οχιά (Vipera ammodytes), το νερόφιδο ή δρυίτης του νερού (Natrix natrix), και ο τυφλίνος ή ήλιος (Typhlops vermicularis).
Από όλα τα είδη αυτά, το μόνο που είναι δηλητηριώδες, αν και όχι θανατηφόρο, είναι η οχιά, η οποία μπορεί να αναγνωρισθεί εύκολα από το μικρό μέγεθος, τις έντονες ραχιαίες γραμμές, το πλατύ κεφάλι και ένα μικρό μαλακό ρυγχιαίο κερατάκι.
ΠΤΗΝΑ
Η πιο εντυπωσιακή κατηγορία ζωικών οργανισμών της Νάξου, όμως, είναι αναμφίβολα τα πουλιά. Από το μεγαλοπρεπές όρνιο ή σκανιά (Gyps fulvus), προαιώνιο σύμβολο της ναξιακής ορνιθοπανίδας, μέχρι τον ταπεινό κατσουλιέρη ή σκορδαλό (Galerida cristata), η φύση της Νάξου προσελκύει εκατοντάδες είδη πουλιών, πολλά από τα οποία είναι σπάνια ή απειλούμενα με εξαφάνιση.
Ημερόβια και νυκτόβια αρπακτικά, δηλαδή γύπες, αετοί, γεράκια, κίρκοι, κουκουβάγιες και μπούφοι, υδρόβια, όπως ερωδιοί, βουτηχτάρια, πουλάδες, χήνες και πάπιες, παρυδάτια, όπως σφυριχτές, σκαλίδρες και τρύγγες, θαλασσοπούλια, γλάροι και γλαρόνια, πέρδικες, χελιδόνια, πετροκλήδες, τσιροβάκοι, φυλλοσκόποι, κοτσύφια, τσίχλες και κορακοειδή μένουν μόνιμα ή επισκέπτονται τακτικά το νησί, μαρτυρώντας την αξία του ναξιακού περιβάλλοντος.
Η περιβαλλοντική αξία του νησιού είναι εν μέρει αποτέλεσμα των γενικά ήπιων παραδοσιακών χρήσεων γης. Ο βιολογικός πλούτος του νησιού έχει αναγνωριστεί διεθνώς και η ελληνική Πολιτεία έχει περιλάβει τμήμα της Νάξου στο ευρωπαϊκό δίκτυο προστατευόμενων περιοχών <<Φύση 2000>> (Natura 2000).
Επίσης έχουν θεσπιστεί 7 Καταφύγια Άγριας Ζωής.
