Η Παναγία είναι ένας παραδοσιακός οικισμός στους πρόποδες του βουνού Πάπας. Ο οικισμός βρίσκεται σε απόσταση 4,5 χλμ. από το λιμάνι και περίπου 2 χλμ. από την παραλία Τουρκοπήγαδο.
Η σχετικά μεγάλη απόσταση από τη θάλασσα τα παλιά τα χρόνια ήταν πλεονέκτημα, λόγω των επιδρομών των πειρατών. Τα σπίτια του χωριού ήταν όλα πέτρινα και πλήρως εναρμονισμένα με το γύρω περιβάλλον, οπότε το χωριό δεν διακρινόταν από τη θάλασσα. Στους χάρτες θα τον βρείτε και με το όνομα Ηράκλεια. Για πολλά χρόνια η Παναγία είχε τους περισσότερους κατοίκους του νησιού, λόγω έντονης αγροτικής δραστηριότητας. Ακόμα και σήμερα θα δείτε πολλά χωράφια με τις στέρνες τους για πότισμα των ζώων και παραδοσιακά πέτρινα αλώνια που σήμερα αποτελούν αξιοθέατα, καθώς μόνο ένα χρησιμοποιείται ακόμη.
Τα περισσότερα σπίτια είναι πέτρινα, όπως και τα 2-3 καλντερίμια του χωριού. Διατηρούνται ακόμη και οι πέτρινοι φούρνοι που είχε κάθε οικογένεια.
Τις δεκαετίες του 60 και 70 πολλοί κάτοικοι εγκατέλειψαν το χωριό και μετανάστευσαν προς την Αθήνα κυρίως και λίγοι στο εξωτερικό προς εύρεση εργασίας, καθώς τα μεροκάματα στην Ηρακλειά ήταν δυσεύρετα. Αργότερα η τουριστική δραστηριότητα που αναπτύχθηκε στον Άγιο Γεώργιο, ευνόησε τη μετακίνηση πληθυσμού από την Παναγία προς το λιμάνι.
Σήμερα η Παναγία δεν έχει μεγάλη τουριστική ανάπτυξη, αλλά αυτό αποτελεί πλεονέκτημα για όσους αναζητούν γαλήνη στις διακοπές τους. Διαθέτει ένα Ιατρείο με αγροτικό γιατρό, ένα Δημοτικό Σχολείο που στεγάζει και το Νηπιαγωγείο, ελάχιστα τουριστικά καταλύματα, ένα εστιατόριο που λειτουργεί και ως παντοπωλείο, έναν παραδοσιακό ξυλόφουρνο και ένα κατάστημα με είδη χειροτεχνίας.
Από την Παναγία η θέα των γύρω νησιών (Νάξος, Πάρος, Αμοργός, Αστυπάλαια, Ανάφη και όλες οι υπόλοιπες μικρές Κυκλάδες) είναι μαγευτική. Ο Ναός των Εισοδίων της Θεοτόκου αποτελεί στολίδι του χωριού. Ενδιαφέρον για τον επισκέπτη της Παναγίας αποτελεί και ο περίπατος, μέσω παραδοσιακού πέτρινου μονοπατιού, μέχρι την πηγή απ’ όπου υδρεύεται το χωριό.
Το μονοπάτι έχει μήκος 1 χιλιόμετρο. Ο επισκέπτης στο τέλος της διαδρομής απολαμβάνει τη δροσιά του νερού και την καταπληκτική θέα του χωριού και των γύρω νησιών.
