Νεαρός Γύπας στην Ηρακλειά/Φωτό: Lynne Neilly
Τα πουλιά είναι ο τομέας της πανίδας που παρουσιάζει το μεγαλύτερο ενδιαφέρον στην Ηρακλειά, με καταγεγραμμένα πάνω από 170 είδη, πολλά από τα οποία είναι απειλούμενα και προστατευόμενα σε παγκόσμιο επίπεδο.
Από αυτά τα 26 είναι αρπακτικά που βρίσκουν ιδανικές θέσεις για φώλιασμα στα απόκρημνα βράχια του νησιού.
Τα πιο σημαντικά είδη που παρατηρούνται στο νησί είναι το όρνιο (2-3 ζευγάρια), ο σπιζαετός (1 ζευγάρι), ο μαυροπετρίτης (30-60 ζευγάρια που φωλιάζουν στα Αβελονήσια), ο θαλασσοκόρακας (φωλιάζει στην Ηρακλειά και στα Αβελονήσια), ο αιγαιόγλαρος (παρατηρείται κατά την περίοδο μετανάστευσης) και ο αρτέμης (μεγάλος αριθμός παρατηρείται κατά τη μετανάστευση).
