Αρχαιολογικός χώρος Γρόττας. Κάτω από την πλατεία της Μητρόπολης, στη βόρεια πλευρά του λιμανιού, αποκαλύφθηκε από τις ανασκαφές ένα κομμάτι της μυκηναϊκής πρωτεύουσας της Νάξου, η οποία χρονολογείται το 1300 π.Χ. Πρόκειται για ένα κομμάτι της αρχαίας αγοράς και του οικισμού της πρωτεύουσας. Πιθανολογείται ότι η Ακρόπολη των Μυκηναϊκών χρόνων ήταν στο λόφο του Κάστρου. Τα μεγάλα νεκροταφεία της εποχής ήταν στ’ Απλώματα και στη θέση Καμίνι ανατολικότερα. Τα αρχαία οικοδομήματα συνεχίζονται και μέσα στη θάλασσα. Ο χώρος έχει διαμορφωθεί κατάλληλα και αποτελεί πόλο έλξης των τουριστών της Νάξου.
Η Νάξος κατοικήθηκε από την 4η χιλιετία π.Χ. μέχρι σήμερα αδιάκοπα. Πρώτοι κάτοικοι της Νάξου θεωρούνται οι Θράκες.
Την κατοίκησε πρώτος ο γιος του Βορέα Βούτης, που θέλοντας να βρει γυναίκες για τους συντρόφους του έφτασε στη Θεσσαλία, όπου κυνήγησε τις Βάκχες κι ανάμεσα σ’ άλλες έκλεψε την Κορωνίδα και την Ιφιμέδεια και τις έφερε στη Νάξο.
Σύμφωνα με την παράδοση διακόσια χρόνια κυριάρχησαν οι Θράκες στο νησί. Τους διαδέχθηκαν οι Κάρες. Ήρθαν από τη Μ. Ασία έχοντας επικεφαλής τον Νάξο, που επέβαλε το όνομά του στο νησί.
Στα γλωσσικά ιδιώματα του νησιού, επιβιώνουν και χρησιμοποιούνται στοιχεία από την εποχή του Ομήρου. Οι πρώτοι οικισμοί της Νάξου ανάγονται στην Νεολιθική εποχή. Αρχαιολογικά ευρήματα μαρτυρούν για μια ανεπτυγμένη κοινωνία τα τέλη του νεολιθικού πολιτισμού.
Η πρώτη μεγάλη εποχή της Νάξου είναι η Κυκλαδική, την 3η χιλιετία π.Χ. Η Νάξος παρουσιάζει ένα πυκνότατο πληθυσμό που είναι απλωμένος σε μικρές εγκαταστάσεις περισσότερο προς την ανατολική πλευρά του νησιού, όπου ένα πυκνό πλέγμα μικρών νησίδων προσφέρει εύκολη βάση επεκτάσεως. Ένα χαρακτηριστικό πόλισμα της εποχής ανακαλύφθηκε στη θέση Κορφάρι των Αμυγδαλιών, στον Πάνορμο.
Στην τοποθεσία όπου είναι και σήμερα η πόλη της Νάξου, στη Γρόττα, αποκαλύφθηκε μεγαλύτερος και πολύ πιο ανεπτυγμένος οικισμός με τετράγωνα επιμελώς χτισμένα σπίτια και πλούσια κεραμική. Εκτεταμένα σ’ όλο το νησί είναι και τα νεκροταφεία της εποχής.
Αριστουργήματα της τέχνης και της τεχνικής από το δεύτερο μέρος της 3ης χιλιετίας βρέθηκαν σ’ όλους σχεδόν τους τάφους.
Ολόκληρη την 3η χιλιετία π. Χ. η Νάξος αναδεικνύεται σ’ένα από τα μεγαλύτερα κέντρα του Πρωτοκυκλαδικού πολιτισμού. Χαρακτηριστική της σημασίας της συμβολής του νησιού στην άνθηση του Κυκλαδικού πολιτισμού, είναι η χρήση, έστω και συμβατική, από τους αρχαιολόγους, των τοπωνυμίων της Νάξου, για να χαρακτηρίσουν στοιχεία αυτής της περιόδου.
Έτσι μιλάμε για τον τοπικό πολιτισμό «Γρόττας-Λούρου» της Νάξου που χαρακτηρίζει με το όνομά του την Πρωτοκυκλαδική Ι φάση (3200-2800 π.Χ.), για τα ειδώλια του «τύπου του Λούρου», από το νεκροταφείο Λούρου στην περιοχή του Σαγκρίου.
Η Πρωτοκυκλαδική ακρόπολη στο Κορφάρι των Αμυγδαλιών και οι μοναδικές επίκρουστες παραστάσεις από την Κορφή τ’ Αρωνιού, στη Ν.Α. Νάξο, συνθέτουν μαζί με όλα τ’ άλλα στοιχεία, την ξεχωριστή εικόνα ενός μεγάλου κέντρου πολιτισμού του Αιγαίου κατά την 3η χιλιετία π.Χ.