Το Σπήλαιο του Αγίου Ιωάννου είναι από τα μεγαλύτερα των Κυκλάδων. Διαθέτει πλουσιότατο και εντυπωσιακό σταλακτιτικό στολισμό που συμπεριλαμβάνει και το ονομαζόμενο «σπηλαιόγαλα», που είναι μια σπάνια σταλαγμιτική ύλη σε υδαρή κατάσταση. Το σπήλαιο βρίσκεται σε περίβλεπτη θέση με θέα προς τη θάλασσα και απέχει από αυτή(όρμο Βουρκαριά) μισή ώρα με τα πόδια.
Η είσοδος του σπηλαίου είναι μικρή και στην αρχή μπαίνει κανείς σκυφτός. Απέναντι από την είσοδο του σπηλαίου είναι μια μεγάλη σπηλιά, που λέγεται ότι ήταν η κατοικία του γίγαντα Πολύφημου.
Ογκώδεις σταλακτίτες καθώς και κολώνες σε υπέροχα συμπλέγματα με σταλαγμίτες σε ιδιόμορφα σχήματα συνθέτουν το στολισμό του πρώτου θαλάμου του σπηλαίου. Από τον οικισμό Παναγία απέχει περίπου σαράντα πέντε λεπτά με τα πόδια. Στη διαδρομή η θέα είναι εκπληκτική. Για να παρατηρήσει το σπήλαιο ο επισκέπτης θα πρέπει να έχει εφοδιαστεί με δυνατό φακό, καθώς ο χώρος δεν φωτίζεται.
Στις 28 Αυγούστου, παραμονή της εορτής του Αποκεφαλισμού του Αγίου Ιωάννη του Πρόδρομου, γίνεται εσπερινός στην πρώτη μεγάλη αίθουσα του σπηλαίου με τη συμμετοχή πολλών προσκυνητών από την Ηρακλειά και από τα γύρω νησιά. Σύμφωνα με την παράδοση, η σπηλιά ανακαλύφθηκε όταν ένας βοσκός για να προφυλαχθεί από τη βροχή βρέθηκε κατά τύχη στη σπηλιά και επιστρέφοντας στο χωριό οι συγχωριανοί του παρατήρησαν τη μορφή του Αγ. Ιωάννη του Πρόδρομου που είχε αποτυπωθεί στο πίσω μέρος του πουκαμίσου του. Η εικόνα ήταν και ο λόγος που ονομάστηκε το σπήλαιο προς τιμήν του Αγίου Ιωάννη.
| Οδηγίες Πρόσβασης | Η πρόσβαση στο σπήλαιο γίνεται μόνο με τα πόδια. Υπάρχει μονοπάτι σε πολύ καλή κατάσταση, με πινακίδες, το οποίο καθαρίζεται τακτικά. |
| Δημόσια Μέσα Μεταφοράς | Τους καλοκαιρινούς μήνες υπάρχει πουλμανάκι που κάνει δρομολόγια προς την Παναγία απ’ όπου μπορεί κανείς να περπατήσει μέχρι το σπήλαιο. |
| Προσβασιμότητα για άτομα με ειδικές ανάγκες | Δεν υπάρχει. Μετά από συνεννόηση με ντόπιους αγρότες μπορεί κανείς να βρει μουλάρι για τη μεταφορά. |
