O Πέτρος Πρωτοπαπαδάκης γεννήθηκε στην Απείρανθο Νάξου τον Ιανουάριο του 1860 και αποφοίτησε από το γυμνάσιο Σύρου το 1878 με αριστείο στην έκθεσή του “Τι έστιν επιστήμη και τις η ανωτέρα των επιστημών”. Αρχικά είχε εργαστεί ως μηχανικός, αργότερα έγινε καθηγητής σε στρατιωτικές σχολές και στο Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο.
Άρχισε να πολιτεύεται το 1902, διετέλεσε υπουργός οικονομικών και επισιτισμού και αργότερα πρωθυπουργός στην κυβέρνηση συνασπισμού Γούναρη. Μετά την Μικρασιατική Καταστροφή, δικάστηκε στην «δίκη των έξι» και καταδικάστηκε σε θάνατο. Εκτελέστηκε στο Γουδί το 1922.
Ο Πέτρος Πρωτοπαπαδάκης υπήρξε πρωτεργάτης στη δημιουργία και λειτουργία του εναέριου σιδηρόδρομου, ενός από τα μεγαλύτερα και σημαντικότερα δημόσια έργα της περιόδου του μεσοπολέμου, ο οποίος μετέφερε το σμυρίγλι από τα ορυχεία της Απειράνθου και της Κορώνου στο λιμάνι της Μουτσούνας.
Προς τιμή του ο Δήμος Νάξου ανήγειρε ανδριάντα στην κεντρική πλατεία της παραλίας της Χώρας της Νάξου δίνοντας το όνομά του και στη παραλιακή λεωφόρο του λιμένα Νάξου.
