Ο Πύργος των Κρίσπι, ο μόνος που σώζεται από τους δώδεκα πύργους του Κάστρου που είχαν χτιστεί στους μεσαιωνικούς χρόνους για να το προστατεύουν. Σύμφωνα με την τοπική αφήγηση ο πύργος ήταν το ανάκτορο της δυναστείας των Κρίσπι, όμως στην πραγματικότητα το οικοδόμησε ο νόθος γιος του δούκα Γουλιέλμου του Β΄, μετά το 1453, ο οποίος δεν είχε δικαιώματα στον θρόνο της ηγεμονίας.
Γύρω στο 1207 μ.Χ. (κατά την κρατούσα ιστορική εκδοχή) ο Βενετός Μάρκος Σανούδος καταλαμβάνει τη Νάξο και την Άνδρο και ιδρύεται η λατινική ηγεμονία που θα μείνει γνωστή στην ιστορία ως Δουκάτο του Αιγαίου Πελάγους, με πρωτεύουσα τη Νάξο.
Στη συνέχεια κατακτήθηκαν και τ’ άλλα νησιά, εκτός από την Τήνο και τη Μύκονο που αποτέλεσαν ξεχωριστή ηγεμονία υπό τους Ghisi.
Παρότι ήταν Βενετοί, οι Σανούδοι αναγνώριζαν ως επικυρίαρχό τους τον Λατίνο αυτοκράτορα της Κωνσταντινούπολης κι όχι τη Βενετία, απέναντι στην οποία κράτησαν ανεξάρτητη πολιτική, όσο αυτό το επέτρεπαν οι γεωπολιτικές συνθήκες της εποχής.
Έτσι, οι προστριβές με τη Βενετία έγιναν αναπόφευκτες και με την πάροδο του χρόνου η λατινική ηγεμονία των Κυκλάδων έγινε ένα προτεκτοράτο της Βενετίας.
Σύμφωνα με την τοπική παράδοση, ο Μάρκος Σανούδο μοίρασε το νησί στους ευγενείς του σε φέουδα. Το 1227, από το Βενετία πλέον όπου είχε αποσυρθεί, λίγο πριν το θάνατό του, το 1228, ο Μάρκος Σανούδος παραχωρεί το Μοναστήρι του Φωτοδότη Χριστού στο τάγμα των Βενεδικτίνων μοναχών.
Σ’ αυτόν αποδίδεται, πρωθύστερα το πιθανότερο, η ίδρυση μιας θρησκευτικής οργάνωσης, η «Αδελφότης του Αγιοτάτου Σώματος του Χριστού», το 1226 μ.Χ., από Καθολικούς μη ιερωμένους για να διαχειρίζεται δωρεές προς τη νεοσύστατη καθολική εκκλησία.
Η περίοδος της ηγεμονίας των Σανούδων υπήρξε μια ταραχώδης περίοδος, αφού αναγκάζονταν σε διαρκείς πολεμικές επιχειρήσεις ή σε διπλωματικούς χειρισμούς, για να αντιμετωπίσουν τους γείτονές τους Ghisi, τους πειρατές, τον Βυζαντινό στόλο του αυτοκράτορα Βατάτζη της Νίκαιας που, τελικά, ποτέ δεν παραιτήθηκε από τις αξιώσεις του πάνω στα Κυκλαδονήσια, καθώς και τις παρεμβάσεις της Βενετίας.
Η δυναστεία των Σανούδων έδωσε επτά ηγεμόνες και έληξε το 1383 όταν ο φιλοβενετός άρχοντας της Μήλου Φραντζέσκο Κρίσπο (είχε νυμφευθεί αρχόντισσα από τον οίκο των Σανούδων, τη Μαρία) δολοφόνησε κατά τη διάρκεια κυνηγιού, λίγο έξω από το χωριό Μέλανες, τον τελευταίο δούκα της Νάξου, γιο της δούκισσας Φιορέντσα Σανούδο, Νικόλα Dalle Carceri, κι ανέλαβε την ηγεμονία του δουκάτου.
Οι Κρίσπο (12 συνολικά) ηγεμόνευσαν μέχρι το 1566, οπότε κατελήφθη το δουκάτο αρχικά από τον Τούρκο αρχιναύαρχο Χαϊρεντίν Μπαρμπαρόσα και στη συνέχεια από τον Πιαλή Πασά.
Από τα μέσα του 16ου αιώνα ένα νέο «μεταναστευτικό» ρεύμα έρχεται να κατακλύσει το νησί. Μπαρότσι, Γκριμάλντι, Τζιουστινιάνι, Κόκκοι, Ντέλλα-Ρόκκα, Ντε Μοντένα, κ. ά. επενδύουν, είτε αγοράζοντας γη είτε αποκτώντας την με επιγαμίες, δημιουργώντας μεγάλες ιδιοκτησίες. Κλασική περίπτωση αποτελεί ο «τόπος του Φιλωτιού».
Κατά την Τουρκοκρατία θα διατηρηθεί το φεουδαλικό καθεστώς, εντατικοποιώντας την εργασία των δουλοπάροικων κατοίκων του νησιού.
Οι Τούρκοι δεν αποίκησαν τη Νάξο και τις άλλες Κυκλάδες. Ελάχιστοι εγκαταστάθηκαν στα νησιά, εξαιτίας του φόβου των πειρατών, κι ελάχιστοι κάτοικοι δέχτηκαν το Ισλάμ.
Ο Σουλτάνος Σελήμ ΙΙ (1524-1574) παραχώρησε την παλαιότερη και ωραιότερη απ’ όλες τις Λατινικές πολιτείες της Ανατολής στον ευνοούμενό του Ιωσήφ Νάζη, έναν ιουδαίο τυχοδιώκτη, τραπεζίτη, που καταγόταν από Πορτογάλους Εβραίους, είχε προσχωρήσει στον χριστιανισμό κι είχε πάρει το πορτογαλικό όνομα Joao Miquez.
Ο Ιουδαίος Δούκας της Νάξου, δεν επισκέφθηκε ποτέ το δουκάτο του τα δεκατρία χρόνια που του ανήκε. Τοποθέτησε στη θέση του έναν άνθρωπο της εμπιστοσύνης του, τον Φραντζέσκο Κορονέλλο, να εισπράττει τους φόρους από τους οποίους είχε ανάγκη και γενικά να διοικεί τα νησιά που του παραχωρήθηκαν από τον φίλο του Σελήμ ΙΙ.
Ο Νάζη διατήρησε τα παλαιά έθιμα και τους νόμους των Λατίνων, δηλαδή το φεουδαλικό καθεστώς. Με τον νέο Σουλτάνο Μουράτ ΙΙΙ (1574-1595) η δύναμή του εξασθένησε και τελικά πέθανε με λιθοβολισμό το 1579. Στα 1580 μια επιτροπή Χριστιανών από τα νησιά, παρουσιάστηκε στην Πύλη και πήρε από τον Μουράτ ΙΙΙ εξαιρετικά ευνοϊκά προνόμια. Ο κεφαλικός τους φόρος θα έμενε στην παλαιά του μορφή.
Οι εκκλησίες τους θα ήταν ελεύθερες και θα μπορούσαν να χτίζονται όπως ήθελαν. Οι παλαιοί τους νόμοι και τα έθιμα θα διατηρούνταν, θα μπορούσαν να φορούν τα τοπικά τους ρούχα και το μετάξι, το κρασί και τα τρόφιμα θα απαλλάσσονταν από κάθε φόρο στα νησιά τους. Αυτά τα προνόμια επικυρώθηκαν από τον Ιμπραήμ (1640-1648) εξήντα χρόνια αργότερα και σχημάτισαν τον «καταστατικό» χάρτη των Κυκλάδων στα χρόνια της Τουρκοκρατίας.
Άρχιζε η εποχή των διομολογήσεων για την Ανατολή, κάτω από την ηγεμονική επιρροή της Γαλλίας. Αποτέλεσμα αυτής της επιρροής στη Νάξο υπήρξε η εγκατάσταση Ιησουϊτών και Φραγκισκανών μοναχών, καθώς και την ίδρυση της μονής των Ουρσουλινών. Και στα τρία αυτά τάγματα ίδρυσαν και λειτούργησαν εκπαιδευτήρια τον 17ο αι.
Οι Ναξιώτες εξεγέρθηκαν πολλές φορές ενάντια στους κατακτητές, Λατίνους και Τούρκους. Το 1595 έγινε τολμηρή συνωμοτική κίνηση αντιπροσώπων δεκαπέντε νησιών στη Νάξο, που απέβλεπε στην κατάλυση της τουρκικής αυτοκρατορίας. Ενάντια στους Φράγκους ξεσηκώθηκαν το 1563, το 1643, το 1670 και το 1681.
Σημαντικότερες είναι οι εξεγέρσεις κατά τον 18ο αι. με πρωταγωνιστές τα μέλη της οικογένειας των Πολιτών και με κέντρο τον πύργο του Μάρκου Πολίτη στους Ακαδήμους, στο λεκανοπέδιο της Τραγαίας.
