Οι Κυκλάδες γενικά, και η Νάξος ειδικότερα, έχουν μια πλούσια χλωρίδα με στοιχεία κυρίως από την Ευρώπη, αλλά και από την Δ. Ασία και την Β. Αφρική.
Λόγω του μεγάλου αριθμού των φυσικών ενδαιτημάτων της, και τους – για Κυκλαδικά τουλάχιστον δεδομένα – σημαντικούς υδάτινους πόρους της, η Ναξός έχει να επιδείξει ένα μεγάλο αριθμό φυτικών ειδών με πάνω από 963 καταγεγραμμένα αγγειόσπερμα ειδη.
51 από αυτά τα είδη εξαπλώνονται αποκλειστικά στο Αιγαίο, 12 μόνο στις Κυκλάδες ενώ 4 είδη (Cerastium runemarkii, Bupleurum aira, Erysimum naxense, Symphytum naxicola) είναι ενδημικά του νησιού.
Σε αντίθεση με τις νησιώτικες φυτοκοινωνίες, πολλά χαρακτηριστικά δένδρα, και ειδικά καλλιεργουμενα φυτά, δεν ειναι ντόπια, αλλά έχουν εισαχθεί από άλλες περιοχες του πλανήτη, πολλές φορές κατά την αρχαιότητα: π.χ. η ήμερη ελία (Ν. Τουρκία), η χαρουπία (Μεση Ανατολή), η καλαμιά (ΝΑ. Ασία), η πλατύφυλλη δρυς, η καστανιά και το πεύκο (ηπειρωτική Ελλάδα), η μουριά (Απω Ανατολη), ο ευκάλυπτος (Αυστραλία), η φραγκοσυκία και το αθάνατο (Κ. Αμερική), κτλ.
Οι περισσότερες φυτοκοινωνιές της Ναξου, έχουν επιρρεαστεί απο τις ανθρώπινες δραστηριότητες όπως η γεωργία, οι πυρκαγιές και ειδικά η εντατική κτηνοτροφία.
Τυπικές ανθρωπογενείς φυτοκοινωνίες είναι π.χ. τα φρύγανα καθώς και η μακκία. Παρ’ολα αυτάσε απομακρυσμένες και δυσπρόσιτες περιοχές του νησίου, μπορουν ακόμα να βρεθούν υπολειμματικές φυτοκοινωνίες οπως π.χ. δάση και υγροτοπικά λειβάδια.
ΦΡΥΓΑΝΑ
Από τις πιό σημαντικές και χαρακτηριστικές φυτοκοινωνίες της Νάξου είναι οι φρυγανότοποι, οι οποίοι, αν δεν είναι υπερβοσκημένοι, μπορούν να επιδείξουν έναν εντυπωσιακό αριθμό φυτικών ειδών.
Τα φρυγανικά οικοσυστήματα καταλαμβάνουν ένα μεγάλο μέρος του νησιού, κατ’εξοχήν σε περιοχές που έχουν καεί στο παρελθόν και χωρίς βαθύ υπέδαφος.
Στους ντόπιους φρυγανότοπους σε σχιστολιθικά υποστρώματα (πασπάρα, ψαρόπλακα) τυπικά επικρατεί το Genista acanthoclada (‘φρύγανο’) ενώ σε ασβεστολιθικά υποστρώματα κυριαρχεί το θυμάρι (Coridothymus capitatus).
Τα πολυετή φυτά σε φρυγανικά οικοσυστηματα έχουν ορισμένα ιδιαίτερα κοινά χαρακτηριστικά: είναι συχνά αγκαθωτά ή έχουν αρωματικό φύλλωμα, και πολλές φορές ρίχνουν, τουλάχιστον εν μέρει, τα φύλλα τους το καλοκαίρι.
Πολλά από τα αρωματικά φυτά που χρησιμοποιούνται σήμερα στην ευρωπαΐκη κουζίνα, όπως το θυμάρι, το θρούμπι, και η ρίγανη απαντώνται άγρια σε αυτό το οικοσύστημα της Νάξου.
ΜΑΚΚΙΑ ΚΑΙ ΔΑΣΗ
Η Νάξος ήταν παλαιότερα πυκνά δασωμένη. Υπολειμματικά δάση και μεσογειακοί θαμνώνες (μακκία) μπόρουν να βρεθούν και σήμερα σε απομακρυσμένες περιόχες του νησιού, ιδιαίτερα αν στο υπέδαφος υπάρχει κάποιο νερό.
Ωστόσο ακόμα και σε στεγνά και ασβεστολιθικά εδάφη, όπως αυτά που κυριαρχούν στην νότια Νάξο, υπάρχουν αραιοί θαμνώνες ή και δάση από φείδες (Juniperus phoenicea).
Στην αμμώδη περιοχή του Αλυκού φύεται μία από τις μεγαλύτερες εκτάσεις από κέδρους (Juniperus macrocarpa) στην Ελλάδα. Επίσης στην ορεινή Νάξο, υπάρχουν μικρές εκτάσεις από αναγεννημένα πουρνάρια (Quercus coccifera) και σφενδάμια (Acer sempervirens).
Τέλος κάτω από την κορυφή του Ζά επιζεί μια τελευταία συστάδα από υπεραιωνόβιες αριές (Quercus ilex), τελευταίο υπόλειμμα του δασωμένου παρελθόντος της Νάξου.
ΓΝΩΡΙΜΙΑ ΜΕ ΤΗΝ ΝΑΞΙΩΤΙΚΗ ΧΛΩΡΙΔΑ
Η καλύτερη εποχή του χρόνου για να γνωρίσει κανείς την χλωρίδα της Ναξού είναι η περιόδος από τα τέλη Μαρτίου μέχρι τα μέσα Ιουνίου όταν ανθίζουν τα περισσότερα φυτά του νησιού.
Ο ενδιαφερόμενος επισκέπτης μπορεί να παρατηρήσει πολλά όμορφα είδη από λουλούδια κατά μήκος των διαφόρων μονοπατιών του νησιού.
Γενικά, αβόσκητες περιοχές στη ορεινή και βορεία Νάξο, αλλά και στην Τραγέα προσφέρουν τις περισσότερες ευκαιρίες για να απολαύσει κανείς τον φυτικό πλούτο του νησιού.
Επιπλέον υγρά λειβάδια καθώς και απότομες χαραδρές φιλοξενούν ενδιαφέροντα λουλούδια και σπάνια χασμόφυτα. Π.χ. πάνω απο 40 είδη από ορχιδέες (στα γένη Anacamptis, Neotinea, Orchis, Ophrys, και Serapias) έχουν βρεθεί στη Νάξο.
