Τα Κουφονήσια αποτελούνται από το Άνω (ή Επάνω ή Απάνω) και το Κάτω Κουφονήσι (έκτασης 5,7 και 4,4 τ. χλμ. αντίστοιχα), που χωρίζονται μεταξύ τους από στενό πορθμό πλάτους 200 μ.,και από το νησί της Κέρου.
Είναι και τα δύο ενταγμένα στο δίκτυο Φύση (Natura) 2000, και διαθέτουν ποικιλόμορφες ακτές από μαλακό πωρόλιθο, που έχουν διαβρωθεί από τη θάλασσα και τη βροχή και σχηματίζουν εντυπωσιακούς γεωλογικούς σχηματισμούς.
Το έδαφος τους ομαλό και πετρώδες, έχει χαμηλή βλάστηση που στο ανατολικό τμήμα του Απάνω Κουφονησιού γίνεται πυκνότερη.
Σύμφωνα με μια άποψη, το σημερινό τους όνομα οφείλεται στα κοιλώματα και στις σπηλιές των ακτών τους, που παλιότερα φάνταζαν τεράστιες στα μάτια των κουρσάρων, και τους έκαναν να πιστεύουν ότι τα νησιά είναι «κούφια».
Στις μέρες μας αυτοί οι γεωλογικοί σχηματισμοί, άλλοτε παιχνιδιάρικοι και άλλοτε αγριωποί, αποτελούν φυσικά αξιοθέατα που παρεμβάλλονται ανάμεσα σε μαγευτικές παραλίες και εντυπωσιάζουν.