Ανατολικά της εκκλησίας της Θεοσκέπαστης, κοντά στο Πίσω Παραπόρτι, βρίσκεται η Μονή Καπουκίνων.
Αποτελείται από την εκκλησία που είναι αφιερωμένη στον Άγιο Αντώνιο της Πάδουας. Ο ναός είναι μονόκλιτος, με ωραίες εικόνες και το μαρμαρένιο δάπεδό του στολίζεται από τάφους αρχόντων με τα οικόσημά τους, όπως των Κορονέλλων-Κάστρι και των Λορεντάνων-Κρίσπι.
Οι Καπουτσίνοι έφθασαν στη Νάξο το 1628. Ο ναός λειτούργησε και ως σχολείο. Ο «Κώδικας της Μονής των Καπουκίνων» που διασώθηκε, αποτελεί σημαντική μαρτυρία για τη ζωή και την ιστορία της Μονής αλλά και για την ιστορία, τη ζωή και τις περιπέτειες ολόκληρου του Κάστρου το μεγαλύτερο διάστημα της Τουρκοκρατίας.
